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首页» 新闻动态» 传媒扫描» [工人日报]中国农科院构建小麦基因定位与基因组研究平台

[工人日报]中国农科院构建小麦基因定位与基因组研究平台

  近日,中国农科院作物科学研究所小麦基因资源发掘与利用创新团队牵头构建了小麦基因定位与基因组研究平台——WheatGmap(https://www.wheatgmap.org),为高效克隆小麦功能基因提供了一个有效的数据利用、分析和共享平台。相关研究成果在线发表于《分子植物(Molecular Plant)》。

  据介绍,集群分离分析作为一种在分离群体中鉴定目标基因的方法,由于具有高效、低成本的优点被广泛应用。然而,对于缺乏生物信息学背景的研究者来说,深度分析高通量测序获得的数据、正确选择最优算法、有效利用已公布的海量数据成为当前应用集群分离分析方法进行小麦基因快速定位和候选基因筛选的限速步骤。因此,研发一个界面友好、易操作的专业性数据处理平台将对推动小麦研究有重要应用意义。

  该平台目前整合并分析了超过3500份六倍体小麦的高通量测序数据,包括全基因组测序(WGS)、外显子组测序(WES)和转录组测序(RNA-seq)数据。为了方便用户利用这些资源,网站整合了SNP-index、Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四种集群分离分析模型。此外,网站集成了序列比对、基因注释、表达分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。



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